Los dos conjuntos arqueológicos principales se encuentran a cada extremo de la ciudad. El yacimiento del Cerro del Villar está situado en la desembocadura del río Guadalhorce. Fue descubierto en los años 60 y las excavaciones llevadas a cabo han puesto al descubierto una ciudad fenicia de grandes proporciones situada en una antigua isla en el delta del río. Al otro extremo de la ciudad, en la zona este, se encuentran una serie de abundantes abrigos y cuevas donde han aparecido restos preneandertales, neandertales, cromañones y de grupos del neolítico y calcolítico. En esta zona se pretende crear el Parque Prehistórico de Málaga. Al margen de estos, se conservan otros restos de antiguas civilizaciones como la muralla fenicia y la muralla nazarí y muro portuario, ambos declarados Bien de Interés Cultural, así como varias torres almenaras esparcidas por el término municipal, restos de una antigua línea defensiva del litoral.