El Museo de Málaga es la fusión del Museo de Bellas Artes de Málaga, fundado en 1913, con el Museo Arqueológico Provincial de Málaga, de 1947, y tiene su sede en el Palacio de la Aduana. Alberga un extenso catálogo, con una de las mayores colecciones de pintura de España, que supera los dos mil títulos, donde cabe destacar la colección de pintura del siglo XIX, así como diversas colecciones arqueológicas que abarcan desde la prehistoria hasta el periodo musulmán, además de un valioso conjunto de bustos, esculturas y piezas funerarias romanas, entre otros efectos, con un total de más de 15.000 referencias. A fecha de hoy se encuentra cerrado al público, tras haberse finalizado la rehabilitación integral del edificio sede, mientras se ultima la fase de aplicación del proyecto expositivo, que se espera culmine a comienzos de 2015.
El Centro de Arte Contemporáneo o CAC Málaga fue inaugurado en 2003. Es el museo más visitado de Andalucía. Concebido según el modelo alemán Kunsthaus, exhibe artes plásticas y visuales desde el último tercio del siglo XX.A este período también pertenece Picasso, el malagueño más universal, motivo de dos museos en la ciudad: la Casa Natal de Picasso y el Museo Picasso Málaga.
Otra pinacoteca de la ciudad es el Museo Carmen Thyssen ubicado en Palacio de Villalón del siglo XVI, con 267 obras de la Colección Carmen Thyssen-Bornemisza, cuya muestra exhibe un recorrido completo por la pintura española del siglo XIX.
El Museo del Patrimonio Municipal reúne unas 4.000 piezas de escultura, pintura, obra gráfica y documentación de valor histórico, que muestran la historia de la ciudad.También de contenido histórico y etnográfico es el Museo de Artes y Costumbres Populares, fundado en 1976 por la Real Academia de Bellas Artes de San Telmo, que retrata la forma de vida de los malagueños en el pasado y en el presente.
Sobre ciencia y tecnología existen varios museos en la ciudad: el Aula del Mar, creado en 1989 con el objetivo de dar a conocer la riqueza del Mar de Alborán; el Museo Nacional de Aeropuertos y Transporte Aéreo, con una colección relacionada con la aviación y los aeropuertos, aviones históricos en exposición, publicidad histórica de compañías aéreas, etc; el Centro de Ciencia Principia, centro educativo en el que se exponen más de sesenta módulos interactivos y que cuenta con planetario y observatorio astronómico; o el Museo Automovilístico que expone más de 90 vehículos así como motores pertenecientes al coleccionista portugués João Manuel Magalhaes.
Los museos dedicados al arte sacro son numerosos, ya que cada hermandad de semana santa suele tener su propio espacio expositivo. El Museo Catedralicio muestra algunas pinturas de gran valor, como ejemplares de Luis de Morales o José de Ribera, así como pequeñas esculturas del siglo XVII, ornamentos litúrgicos y piezas de orfebrería y de marfil. Por su parte, el Museo Sacro del Císter contiene una colección de escultura y pintura, así como importantes fondos documentales.
Además, existen una serie de museos temáticos como el Museo Interactivo de la Música, con una colección de instrumentos musicales; el Museo Casas de Muñecas, de miniaturas; el Museo del Vidrio y el Cristal, el Museo del Vino o el Museo Flamenco, con una colección de guitarras y documentos históricos de este cante.